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El Árbol de la Vida es una metáfora de la caída en la materia del espíritu divino (ver la escalera que Jacob vio de Dios, de entidades angélicas descendiendo a la tierra y ascendiendo al cielo). Cruzando los planos (llamados esferas) de 11 mundos o universos (llamados sefirot) de la conciencia; y su ascenso, esta vez en forma de espíritu humano , hasta la undécima sefira, llamada Daath (el abismo de la mutación), donde se enfrentará a la mayor de las transmutaciones .
Lo que concluye el largo proceso de liberación de las percepciones materiales (vínculos con el mundo físico), que será sustituido por contrapartes mucho más sutiles y por lo tanto cada vez más similares a la pureza de la percepción espiritual que es el objetivo final de la transformación material.
Esto redibuja el principio de mutación interna que une todas las enseñanzas esotéricas que reconocen en metamorfosis interna (como la transmutación de plomo físico en oro espiritual ) la finalización del proceso de iniciación. La finalización del trabajo de transmutación interna (ver Daath) marca la entrada del iniciado en la esfera del poder espiritual.
Dios materializa partes de sí mismo (los Elohim o mónadas divinas) para descender a materia viva . Sacrificarla hasta el punto de volverla a poner bajo el dominio de la conciencia divina… con abnegación ” es decir, desintegrando partes de la propia conciencia (los Niños hechos a su imagen y semejanza), que en el descenso a reviven la materia (almas) pierden la conciencia (memoria) de su origen divino.
Pero todo espíritu encarnado tiende a trascender la naturaleza material a la que está ligado (ver el “Real Secreto”) para tratar de reintegrarse con la fuente de su propia Emanación. Así, comparándolos con los salmones espirituales, recorren el camino hacia atrás, y alcanzan en forma de espíritu humano la Luz plena del núcleo espiritual: despertando en ellos la partícula de Esencia divina colocada en cada uno de ellos.
La Doctrina Hermética llama a la Gran Obra la “sacralización de la materia viva”. Por esto, significa la manera de reavivar cada espíritu humano al fuego ( energía ) de su núcleo espiritual. El núcleo espiritual está encerrado en la parte más sutil de la conciencia del ser humano. Un fragmento del Cuerpo divino crucificado en los 4 elementos de la Materia es preservado por cada núcleo, que algunos definen como los prisioneros del planeta.
A través de un proceso de reconocimiento interior, explica el misticismo, los espíritus cautivos de la materia responden al impulso de reencontrar su generador. Esto los empuja a enfrentar el difícil ascenso interno a los límites de la conciencia espiritual.
Al despertar cada partícula divina encerrada en la materia de cada ser viviente, el principio divino (Dios) recupera la conciencia del Ser en la manifestación física.
El descenso de lo divino que se enfrenta a los planos más densos de la materia es la realización de el despertar espiritual en el aspecto físico y es el ápice del misterio iniciático.
En las entradas de muchas catedrales en el suelo (sephira Malkuth) se coloca el símbolo del hexagrama que marca el descenso y el ascenso de la tríada espiritual en la esfera material, o un cuadrado doble que indica dónde comienza el trabajo de sacralización de Materia .
La conclusión que el masón puede sacar de esto es que la séfira de Malkuth , la materia inerte, corresponde a la Viuda sin la Luz del espíritu, reportada en los catecismos. De acuerdo con lo que se informa en la simbólica iniciación al 3er grado: en la cual el Maestro Hiram resucita en el alma de cada Maestro Masón (Hijo de la Viuda), para convertirlo en un Hijo de la Luz, es decir, un Iniciado que puede exclamar: ¡ahora la inmortalidad me es conocida!
Aquí en general, la Gran Obra corresponde a la reconstitución de un estado de conciencia que lleva al ser humano a la regeneración de sí mismo, elevándose interiormente a la Luz de la espiritualidad iniciática. 
